青奥会期间，将有来自204个国家和地区的数万名运动员、教练员以及国际奥委会官员等青奥会相关人员入境。南京青奥会是南京有史以来迎接外宾最多的一次赛事，目前已进入外宾入境的高峰期。为此，金陵海关驻禄口机场办事处专门在旅检现场设置了青奥会专用通道，设立统一的标识标牌，为青奥相关人员提供进出境服务。

为防范暴恐事件，南京海关向国家海关总署申请为南京禄口机场T2航站楼配置了8台X光机检查设备，以及人体检查系统、毒品分析仪器、现场取证等监管设备，加强青奥会期间通关和安保工作。

2014南京青奥会期间，还将有大量的外国游客入境。南京海关监管通关处副处长于青提醒：“游客进境携带行李物品要遵循‘自用、合理数量原则’，即旅客的行李物品为本人使用或赠送亲友，而非出售或出租，行李物品数量也应是海关规定的正常数量，如香烟这种高税率的商品，每人携带不能超过两条，珠宝首饰中的黄金一般不能超过50克。若游客携带了无法入境的行李物品，可办理退运，也可交由海关代为保管，出境时再带回国。”